牡丹区2012年申报科技计划项目35项，其中省级以上项目16个；取得重要科技成果近40项。这些企业依托科技自主创新，迅速实现了市场和利润的“双倍增”。山东华盛荣镁业科技公司凭借拥有18项国际先进专利技术的优势，与中国南车、中国北车等国际知名企业达成产品供应意向,迅速拓展了市场。
山东步长制药集团的稳心颗粒和菏泽睿鹰先锋制药公司的酰基化试剂T-1216被列入国家火炬计划；菏泽广源铜带公司研发的压延性电子铜箔技术国际领先；步长丹红注射液产品获国家专利金奖。
创新驱动战略加快推进了牡丹区经济的转型升级。截至目前，全区市级以上高新技术企业40余家，高新技术产业年产值突破200亿元，科技进步对经济增长的贡献率达到49%以上。
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